Du 7 au 28 mars et du 6 au 19 juin 2021, Grit Schubert et Rebekah Wood du RKI se sont rendus au Centre Hospitalier Universitaire Central (CHU) de Bouaké pour des formations, des diagnostics et la constitution d’équipes. Le Dr Schubert a effectué une formation répétée sur le séquençage MinION nanopore du SARS-CoV-2 ainsi que sur les analyses bioinformatiques avec le Pipeline ARTIC. Les deux formations ont été réalisées au CHU de Bouaké avec les membres du réseau local. Les résultats du séquençage et de l’analyse ont été publiés dans un preprint (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2021.05.06.21256282v1) après la détection d’une variante préoccupante. Le Dr Schubert et Mme Wood ont également soutenu l’équipe locale dans les analyses sérologiques du SARS-CoV-2, les diagnostics moléculaires pour le réseau de surveillance et la formation des étudiants. Elles ont également eu le temps de visiter et de consulter le personnel médical du centre de santé de Brobo. Le nouveau bâtiment du laboratoire a été inspecté à chaque voyage et il y a beaucoup d’excitation à l’idée que l’installation se rapproche d’un point opérationnel. L’échange d’informations a été très fructueux et se poursuit avec la venue de membres de l’équipe de diagnostic du CHU à Berlin pour une formation complémentaire en août prochain.

En octobre et novembre 2020, une formation en laboratoire sur le diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2 à l’aide de la PCR et de l’Elisa, ainsi que sur le séquençage mobile à l’aide de MinION (Oxford Nanopore Technology) a eu lieu au Centre Muraz à Bobo Dioulasso au Burkina Faso, menée par Essia Belarbi (P3/RKI) et Jasmin Schlotterbeck (FG37/RKI).

Pendant ce séjour de près de 5 semaines, elles ont animé un atelier sur les bases du séquençage du génome. En collaboration avec l’équipe burkinabé dirigée par le Dr. Arsene Zongo, ils ont testé le matériel d’échantillons collecté en routine auprès des probands via ANDEMIA depuis le début de la pandémie de 2019 et ont séquencé un total de 85 échantillons positifs pour le SARS CoV-2, provenant principalement de la surveillance nationale des coronavirus. Au cours du séjour, les données de séquences générées ont été publiées comme les premières séquences burkinabés du CoV-2 du SARS via ” GISAID ” qui est une base de données en ligne permettant la publication rapide et l’échange international de données génomiques en situation d’épidémie.

En raison de la pandémie, la réunion du réseau ANDEMIA de cette année n’a pu avoir lieu qu’en ligne et sous une forme abrégée. Le 24 novembre 2020, les partenaires du projet des quatre pays africains partenaires se sont réunis en ligne pour échanger numériquement des informations sur l’avancement du projet malgré les déficiences de la couronne et sur les plans pour l’avenir du projet. Les syndromes respectifs ont été discutés comme les années précédentes en séance plénière ainsi qu’en sous-groupes.
Outre les activités d’ANDEMIA, les membres du projet ont également discuté des activités nationales liées au SARS-CoV 2 auxquelles ils participent.
Même si la réunion de cette année a été courte, nous avons eu des discussions très fructueuses et espérons nous retrouver en personne en 2021.
Restez en bonne santé !

A partir du 22.09. – 11.10. 2020 Andreas Sachse (P3/RKI) a effectué une formation de laboratoire de 3 semaines sur le diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2, en particulier sur le séquençage mobile à l’aide de MinION (Oxford Nanopore Technology) au CHU de Bouaké en Côte d’Ivoire afin d’apporter un soutien spécifique aux collègues ivoiriens dans le cadre de la pandémie actuelle.

Pendant son séjour, M. Sachse a séquencé, avec le scientifique ivoirien Etile Anoh, un total de 208 échantillons, provenant principalement de la Surveillance nationale des coronavirus. Pendant le séjour de M. Sachse, 64 séquences ont été générées jusqu’à présent et ce sont les premières données sur la séquence SARS-CoV-2 ivoirienne mises à la disposition du public via le GISAID. Le GISAID est une plateforme en ligne qui permet l’échange international rapide de données génomiques, y compris celles relatives au SARS-CoV-2. En même temps, 7 génomes complets du SARS-CoV-2 de patients d’ANDEMIA de la République démocratique du Congo (rapport de septembre 2020) pourraient être publiés sur la même plateforme.

Afin de soutenir les collègues congolais dans la pandémie actuelle, une formation en laboratoire sur le diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2 et la sérologie a eu lieu à l’INRB à Kinshasa.

Pendant un séjour de 3 semaines (05.-28.08.2020), Caroline Röthemeier du RKI, Allemagne et l’équipe congolaise d’ANDEMIA ont examiné des échantillons qui avaient été régulièrement prélevés chez les participants d’ANDEMIA depuis décembre 2019. L’ARN a été extrait de plus de 600 prélèvements nasaux/pharyngés de patients présentant des symptômes respiratoires aigus et a été testé pour le SARS-CoV-2. En outre, 480 échantillons de sérum ont été soumis à des tests sérologiques pour détecter la présence d’anticorps à long terme (IgG) contre le SARS-CoV-2. Les échantillons séropositifs seront désormais testés par un test de neutralisation au RKI.

Le personnel local formé par Mme Röthemeier est maintenant également responsable de l’analyse dans le cadre d’une étude sur les anticorps du SARS-CoV-2 chez les travailleurs de la santé et leurs familles à Kinshasa. Cette étude est réalisée en coopération entre le RKI, l’INRB/Kinshasa, l’IMT/Anvers et l’IRD/Montpellier.

Cette formation a été soutenue financièrement et organisationnellement par les projets ARGOS/GHPP et ZIG3/RKI respectivement.

Le SARS-CoV-2 se répand largement sur le continent africain, et en mettant l’accent sur les maladies respiratoires aiguës, l’ANDEMIA est très engagée dans le soutien de nos pays partenaires africains dans la réponse à la pandémie.

Nous avons donc inclus la PCR du SARS-CoV-2 dans notre panel de tests de routine pour tous les patients de l’ANDEMIA (cofinancé par le BMBF par l’intermédiaire du sous-projet ANCOS), mis en œuvre des techniques de séquençage mobile afin d’étudier les chaînes d’infection, et commencé une enquête sérologique pilote pour tirer des conclusions sur le niveau d’exposition des populations locales au virus.

L’ajout de COVID-19 au programme de recherche de l’ANDEMIA permettra de combler d’importantes lacunes dans la compréhension de la dynamique et de l’épidémiologie de la maladie COVID-19, fournira une plate-forme pour la surveillance à long terme de la pneumonie COVID-19 et, surtout, apportera une aide pratique aux efforts nationaux de contrôle de COVID-19, ce qui est de la plus haute importance.

Du 24.02. au 08.03.2020, trois membres de l’équipe allemande ANDEMIA de RKI ont passé deux semaines sur le site partenaire “Centre Muraz” et “Centre Hospitalier Universitaire Souro Sanou” à Bobo-Dioulasso au Burkina Faso.

Comme lors du précédent séjour en Côte d’Ivoire, le voyage s’est concentré sur le recyclage du personnel d’inscription et sur l’assurance qualité des pratiques de laboratoire. Cela comprenait des préanalyses telles que les procédures de prélèvement sanguin appropriées (vidéo de formation) et la prévention de la contamination dans l’hémoculture, ainsi que la formation individuelle et la réévaluation des pratiques de laboratoire en matière d’essais moléculaires et bactériologiques. En ce qui concerne les tests moléculaires, la validation des résultats a été réévaluée et a fait l’objet d’une attention particulière. En ce qui concerne les tests bactériologiques, l’équipe du RKI a mis l’accent sur l’utilisation des galeries API pour l’identification des bactéries avec une introduction au système APIweb. Enfin, plusieurs réunions pour le début de l’enrôlement des contrôles sains ont été organisées pour discuter des dernières questions d’organisation et pour lancer avec succès l’enrôlement au Burkina Faso.

Du 14 janvier au 13 février 2020, Essia Belarbi et Paul Pitzinger de l’équipe allemande ANDEMIA ont visité tous les sites d’étude en Côte d’Ivoire afin de former à nouveau le personnel de laboratoire aux procédés de laboratoire bactériologique et moléculaire et de mettre en place l’enrôlement de contrôles sanitaires sur les différents sites.

Les travailleurs de la santé ont reçu une formation de recyclage sur le prélèvement aseptique de sang afin de réduire les taux de contamination dans l’hémoculture, qui a été soutenue par une courte vidéo de formation, fournie par ANDEMIA et l’IMT d’Anvers. Cette vidéo est accessible gratuitement sur l’internet ici et doit être utilisée par les partenaires pour former le nouveau personnel ou pour rappeler aux travailleurs de la santé établis les techniques appropriées.

Afin d’améliorer encore la qualité des résultats bactériologiques, les biologistes et les techniciens des laboratoires de bactériologie de Bouaké et Guiglo ont été formés à l’utilisation du système API® (Analytical Profile Index). Enfin, la mise en œuvre de l’enrôlement de témoins sains a été présentée à tous les sites d’étude. Cette phase étant cruciale pour l’analyse et l’interprétation des résultats, le protocole a été discuté en détail afin de s’assurer que chaque site connaisse les procédures et puisse commencer l’enrôlement.

Du 28 au 31 janvier 2020, les membres de l’équipe ANDEMIA ont participé à la réunion à mi-parcours du “Réseau de recherche pour les innovations en matière de santé en Afrique subsaharienne” à Accra, Ghana. Au cours de plusieurs ateliers et tables rondes, des scientifiques africains et allemands des cinq réseaux se sont réunis pour discuter des questions de santé mondiale et pour échanger leurs expériences sur des sujets communs aux projets. Des questions spécifiques aux projets ont été abordées lors de réunions internes aux réseaux.

La quatrième réunion du réseau ANDEMIA a eu lieu à Berlin du 18 au 22 novembre 2019. Les partenaires de projet des quatre pays partenaires africains se sont réunis à l’Institut Robert Koch pour discuter des progrès, des problèmes et des plans pour l’avenir d’ANDEMIA. Bien entendu, les employés des projets TRICE et ARGOS du PBPE financés par le BMG, qui sont étroitement liés à ANDEMIA, ont également été invités à échanger des informations avec les partenaires du projet commun. L’un des principaux objectifs de la réunion de cette année était de planifier des analyses de données ciblées et d’élaborer un plan de publication.

Avant la réunion de réseau, trois ateliers ont été organisés à l’intention des étudiants de master et de doctorat d’ANDEMIA, ainsi que du personnel des projets ARGOS et TRICE :
Un atelier sur la “Rédaction de propositions”, visant à permettre aux étudiants de rédiger des propositions de projet structurées. Dans l’atelier “Rapport de données”, les participants ont reçu des instructions sur la compilation et l’évaluation des données de la base de données ANDEMIA. Au cours du troisième atelier, les participants ont acquis des connaissances sur le séquençage mobile à l’aide de la technologie MinION, qui doit être mise en place dans les pays partenaires en tant qu’outil de diagnostic supplémentaire.