En octobre et novembre 2020, une formation en laboratoire sur le diagnostic moléculaire du SARS-CoV-2 à l’aide de la PCR et de l’Elisa, ainsi que sur le séquençage mobile à l’aide de MinION (Oxford Nanopore Technology) a eu lieu au Centre Muraz à Bobo Dioulasso au Burkina Faso, menée par Essia Belarbi (P3/RKI) et Jasmin Schlotterbeck (FG37/RKI).

Pendant ce séjour de près de 5 semaines, elles ont animé un atelier sur les bases du séquençage du génome. En collaboration avec l’équipe burkinabé dirigée par le Dr. Arsene Zongo, ils ont testé le matériel d’échantillons collecté en routine auprès des probands via ANDEMIA depuis le début de la pandémie de 2019 et ont séquencé un total de 85 échantillons positifs pour le SARS CoV-2, provenant principalement de la surveillance nationale des coronavirus. Au cours du séjour, les données de séquences générées ont été publiées comme les premières séquences burkinabés du CoV-2 du SARS via ” GISAID ” qui est une base de données en ligne permettant la publication rapide et l’échange international de données génomiques en situation d’épidémie.